Ο Δήμος Πυθαγορείου λειτούργησε σύμφωνα με το Σχέδιο Καποδίστριας ως δήμος του νομού Σάμου από το 1999 έως το 2010 με έδρα το Πυθαγόρειο, το οποίο είναι κτισμένο στην θέση της αρχαίας Σάμου. Ήταν ένας από τους τέσσερις δήμους, στους οποίους διαιρείτο διοικητικά η Σάμος και ένας από τους οκτώ του νομού. Βρισκόταν στα νοτιοανατολικά του νησιού, περιελάμβανε έντεκα δημοτικά διαμερίσματα και είχε συνολικό πληθυσμό 9.003 κατοίκους. Ήταν ο μεγαλύτερος σε έκταση δήμος του νησιού με συνολική έκταση 164,6 τ. χλμ.. Ήταν επίσης ο δήμος με την μεγαλύτερη τουριστική κίνηση στο νησί της Σάμου, μαζί με τον δήμο Βαθέος. Με τη διοικητική διαίρεση του 2011 (Σχέδιο Καλλικράτης), από 1 Ιανουαρίου 2011 εντάχθηκε στο νέο διευρυμένο Δήμο Σάμου της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου. Ο δήμος περιελάμβανε τα παρακάτω δημοτικά διαμερίσματα και οικισμούς:

Δ.δ. Πυθαγορείου [ 1.642 ] το Πυθαγόρειο [ 1.327 ] ο Καρπόβουλος [ 23 ] η Νέα Πόλη [ 211 ] οι Πούντες [ 81 ] Δ.δ. Κουμαραδαίων [ 158 ] οι Κουμαραδαίοι [ 157 ] η Μονή Μεγάλης Παναγίας [ 1 ] Δ.δ. Μαυρατζαίων [ 401 ] οι Μαυρατζαίοι [ 363 ] οι Γιώνιδες [ 35 ] η Μονή Τιμίου Σταυρού [ 3 ] Δ.δ. Μεσογείου -- το Μεσόγειο [ 143 ] Δ.δ. Μύλων -- οι Μύλοι [ 265 ] Δ.δ. Μυτιληνιών [ 2.437 ] οι Μυτιληνιοί [ 2.340 ] η Καμάρα [ 4 ] η Μονή Αγίας Τριάδος [ 4 ] το Ποτάμι Μεσοκάμπου [ 79 ] ο Ριζοβράχος [ 10 ] Δ.δ. Παγώνδου [ 1.294 ] ο Παγώνδας [ 764 ] το Ηραίο [ 495 ] η Κολόνα [ 35 ] Δ.δ. Πανδρόσου -- το Πάνδροσο [ 166 ] Δ.δ. Πύργου -- ο Πύργος [ 562 ] Δ.δ. Σπαθαραίων [ 438 ] οι Σπαθαραίοι [ 273 ] το Αβάντι (ο Ζέφυρος) [ 32 ] ο Απόστολος Παύλος [ 17 ] η Βεργή [ 23 ] το Καλογερικό [ 5 ] η Κύργιαννη [ 36 ] το Λιμνονάκι [ 26 ] το Μετόχι [ 4 ] η Σαμιοπούλα (νησίδα) [ 5 ] η Συκιά [ 17 ] Δ.δ. Χώρας [ 1.497 ] η Χώρα [ 1.448 ] το Ποτοκάκι [ 49 ]

Εξωτερικοί Σύνδεσμοι

Δήμος Πυθαγορείου, Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου