To Κύπελλο Ελλάδος καλαθοσφαίρισης γυναικών 1998-99 ξεκίνησε στις 20 Σεπτεμβρίου 1998 με τους αγώνες της πρώτης φάσης και τελείωσε στις 24 Μαρτίου 1999 με τον τελικό που έγινε στην Αγία Βαρβάρα Αττικής μεταξύ του Α.Ο. Σπόρτιγκ και του Θρίαμβου Νέου Κόσμου. Το κύπελλο κατέκτησε ο Α.Ο. Σπόρτιγκ για δεύτερη φορά στην ιστορία της διοργάνωσης.

Α΄ φάση

Β΄ φάση

3η αγωνιστική

Γ΄ φάση

Προημιτελικοί

Ημιτελικοί

Τελικός

Ο τελικός διεξήχθη στις 24 Μαρτίου 1999 στην Αγία Βαρβάρα Αττικής.

Ο κυπελλούχος

Πηγές

Ελληνική Ομοσπονδία Καλαθοσφαίρισης